Variabilité génétique de Flavobacterium psychrophilum, pathogène de salmonidés, en France : une diversité génétique sous-estimée.

Contexte/enjeux/ problématique nationales et/ou internationales

La bactérie Flavobacterium psychrophilum est un pathogène majeur des salmonidés dans le monde entrainant des mortalités importantes et donc des pertes économiques pour les éleveurs. La récurrence des cas cliniques dans les élevages et notamment, en France chez la truite arc en ciel, pose la question de la diffusion et de la transmission de cet agent. Pour répondre à cette question, les travaux ont porté sur la variabilité génétique de F. psychrophilum en France par une approche PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) et MLST (Multi Locus Sequence Typing)(1). 

Résultats

L’étude de la variabilité génétique de 66 isolats prélevés de truites arc en ciel en phase clinique de la maladie a mis en avant la présence de 15 différents séquences types (ST) dont 14 n’avait jamais été décrits. L’analyse eBURST portant sur ces isolats montre l’existence d’un complexe clonal unique regroupant 8 ST (STs 2, 89, 91, 92, 93, 95, 97 et 98) avec un ancêtre commun, le ST2. Les 7 autres ST décrits correspondent à des séquences types se situant hors complexe clonal. Le ST2 est également le plus représenté avec 47% des isolats correspondant à ce séquence type. Les calculs de différents index portant sur l’analyse de la diversité permettent de mettre en avant le rôle de la recombinaison dans la variabilité génétique observée et surtout de définir la structure de population étudiée comme étant de type épidémique (2). La présence d’un ST majoritaire, correspond en plus à l’ancêtre commun, sur le territoire français semble mettre en avant le rôle des échanges commerciaux dans la diffusion de cet agent dans les élevages piscicoles.

A une échelle géographique plus fine (un bassin versant) et sur des isolats issus de poissons porteurs asymptomatiques (isolés de rate ou de branchie), l'analyse PFGE révèle une diversité plus élevée, confirmée par MLST sur une sélection d'isolats. Cette diversité peut sans doute s'expliquer par la présence d'isolats environnementaux présentant soit une virulence modérée, soit une adaptation moins bonne à l'hôte truite, soit une compétitivité moindre vis à vis d'autres types génétiques. La diversité génétique de F. psychrophilum sur les sites de production situés dans le bassin versant de l'étude, plus importante en aval qu'en amont, semble indiquer une diffusion par le réseau hydraulique, en plus de celle due aux échanges commerciaux.

Perspectives/impact à terme

Une meilleure connaissance de la variabilité génétique et de la diffusion de l’agent pathogène permettront une meilleure gestion de la maladie en mettant en place des stratégies de contrôles adaptées.

Partenaires

INRA, Virologie et Immunologie Moléculaires UR892, F-78350 Jouy-en-Josas, France LD40, Laboratoire d’analyse, F-40000 Mont de Marsan, France

GDSAA, Groupe de Défense Sanitaire Aquacole Aquitain, F-40000 Mont de Marsan, France

Valorisation

Siekoula-Nguedia, C., Blanc, G., Duchaud, E., Calvez, S., 2012, Genetic diversity of Flavobacterium psychrophilum isolated from rainbow trout in France: Predominance of a clonal complex. Veterinary Microbiology, Available online 20 July 2012, ISSN 0378-1135, 10.1016/j.vetmic.2012.07.022.

Siekoula-Nguedia, C., 2012. Etude de la variabilité génétique de Flavobacterium psychrophilum, pathogène de salmonidés. Thèse de l'Université de Nantes.

Bibliographie

• Nicolas P, Mondot S, Achaz G, Bouchenot C, Bernardet JF, Duchaud E. Population structure of the fish-pathogenic bacterium Flavobacterium psychrophilum. Applied and Environmental Microbiology 2008;74 (12):3702-9.
• Smith JM, Smith NH, O'Rourke M, Spratt BG. How clonal are bacteria? Proceedings of the National Academy of Sciences 1993;90 (10):4384-8.