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L’unité est rattachée à l’école doctorale ED Végétal, Animal, Mer, Environnement (VAAME) depuis janvier 2023. Sa capacité d’encadrement doctoral porte aujourd’hui à 19 HDR (Habilitation à Diriger la Recherche).

L’unité est très engagée dans la formation de doctorants : 16 thèses ont été soutenues depuis début 2017, 17 doctorants sont actuellement encadrés. Pour l’encadrement du projet scientifique, le plus souvent, l’équipe d’encadrement associe 2 (voire 3) scientifiques qui apportent des compétences complémentaires aux étudiants. Il s’agit dans près d’un tiers des cas de co-encadrements avec un scientifique d’une autre unité, ce qui donne alors au doctorant une expérience de recherche dans des contextes différents.

La politique de formation des doctorants dans l’unité repose sur un encadrement qui prend en compte leur projet professionnel, une incitation à s’inscrire à des formations adaptées à leurs besoins, une incitation à présenter leurs travaux en congrès pour assurer leur insertion dans la communauté scientifique, et une animation scientifique dans l’unité dont certaines actions leur sont dédiées spécifiquement. Les thèses dans l’unité sont soutenues le plus souvent en 36 ou 37 mois.