Pauline Ezanno
Pauline Ezanno a été nommée cheffe du département Santé animale d’INRAE. Elle occupait depuis 2024 le poste de cheffe adjointe de ce même département. Avant cela, elle dirigeait l’équipe DYNAMO (Modélisation en dynamique de population et épidémiologie animale) au sein de l’unité BIOEPAR (INRAE, Oniris) à Nantes.
Docteure en biologie intégrative (Montpellier SupAgro & Université de Montpellier, 2002), Pauline est recrutée en 2003 comme chargée de recherche à INRAE. Elle développe depuis des travaux en modélisation mécaniste pour mieux comprendre et prédire la dynamique multi-échelle des maladies animales, en lien avec les populations d’hôtes et de vecteurs. Habilitée à diriger des recherches depuis 2010, elle devient directrice de recherche en 2015 et prend la tête de l’équipe DYNAMO.
Elle a (co-)coordonné à de nombreux projets d’envergure nationale et internationale, tels que le projet investissement d’avenir MIHMES, le premier challenge international de modélisation en santé animale ASF Challenge, le réseau international des modélisateurs en santé animale ModAH-HUB, ou encore le projet Horizon Europe WiLiMan-ID. Elle est également à l’origine de deux logiciels pour les gestionnaires de santé animale, tous deux récompensés par un prix Innov’Space.
Impliquée dans la formation et la diffusion des savoirs, Pauline a encadrée de nombreux étudiants, contribuée à l’enseignement supérieur et à la formation continue, et a co-organisé les trois éditions du congrès ModAH "Modelling in Animal Health". Elle est l’autrice et co-autrice sur plus de 90 publications scientifiques.
Toutes nos félicitations à Pauline Ezanno pour cette nomination, et nos meilleurs vœux de réussite dans ses nouvelles fonctions à la tête du département Santé animale d’INRAE.
Houssem Ben Yahia
Houssem BEN YAHIA a obtenu son doctorat à la Faculté des Sciences de Tunis en 2019. Il a travaillé sur la dissémination de l'antibiorésistance dans la faune sauvage, en mettant particulièrement en lumière le rôle important des oiseaux sauvages en tant que réservoir et vecteur de dissémination des bactéries résistantes aux antibiotiques. En juin 2019, il a été recruté en tant que chercheur postdoctoral à l'Institut Supérieur des Sciences Biologiques de Tunis pour participer à un projet de recherche international intitulé "Avibiocin". Ce projet vise à étudier le panorama de la résistance aux antibiotiques dans le secteur avicole en Tunisie, ainsi que les mécanismes moléculaires qui lui sont associés. Dans le cadre de ce projet, Houssem a travaillé sur les bactériocines en tant qu'alternative naturelle fort prometteuse pour le remplacement des antibiotiques dans la production avicole. En novembre 2023, il a rejoint l'équipe APPIFISH à l'unité BIOEPAR pour contribuer au projet HOLISTIC, axé sur la détection des souches résistantes aux antibiotiques dans le milieu aquacole et environnemental, ainsi que sur les mécanismes moléculaires qui leur sont associées.
Lien utile : https://www.researchgate.net/profile/Houssem-Ben-Yahia
Philippe Benezech
Administrateur réseau au sein de la Direction Informatique INRA du centre de Jouy-en-Josas de 1993 à 1997, administrateur système et gestionnaire de parc au sein de l’Unité Informatique du centre de Montpellier de 1997 à 2015 puis au sein de l’UMR Eco & Sols de 2015 à 2021.
Philippe Benezech nous a rejoint en Avril 2021 suite à une mobilité interne INRAE en tant qu’administrateur système, réseaux et base de données.
Maeva Caillat
Maéva Caillat rejoint l'équipe PEPS en qualité d'ingénieure de recherche en CDD de 6 mois, à partir de janvier 2024. Diplômée de Centrale Nantes en 2020, elle est spécialisée en maths appliquées, avec une expertise en science des données et en statistiques. Elle a débuté sa carrière en R&D chez Phimeca à Paris, où elle s'est consacrée à la modélisation de la dispersion de polluants et à l'optimisation du data monitoring de structures en mer.
Chez BIOEPAR, Maéva collaborera avec Juan Manuel Ariza et Nathalie Bareille pour quantifier les effets de l'ajout de luzerne dans la ration des vaches laitières. Cette étude mobilisera des données issues de plusieurs centaines d'élevages sur plusieurs années, afin d'évaluer l'impact sur la production laitière, la composition du lait, la santé des animaux et leur reproduction.
Alicia Dessis-Caley
Après l'obtention d'un BTS Biotechnologies, Alicia Dessis-Caley a rejoint l'équipe TIBODI de l'unité BIOEPAR pour une durée d'un an, de septembre 2024 à août 2025. Elle est recrutée dans le cadre d'un apprentissage en L3 pro BSA (Biotechnologies en Santé Alimentaire) proposée par l'UFR des Sciences et Techniques de Nantes. Encadrée par Maggy Jouglin et Olivier Plantard, elle travaillera sur le projet QUIFOH. Ce projet consiste à étudier la prévalence de Francisella tularensis (agent pathogène responsable de la tularémie chez l'homme) chez les 5 000 tiques collectés dans la région de Quimper afin de répondre à la question : Les tiques sont-elles impliquées dans l'éco-épidémiologie de la tularémie ? Pour cela, elle va mettre au point des techniques de biologie moléculaire permettant la détection de l'agent pathogène recherché.
Eyango Tabi Théophile Ghislain Loïc
Background : Il est ingénieur agronome de formation issue d'Unilasalle (campus de Rouen), il a aussi un Master Of Science data science qu'il a réalisé en double diplôme durant mes deux dernières années de formation d'ingénieur. En termes d'expériences professionnelles, il a réalisé 3 stages en exploitation agricole où il a pu mettre en pratique mes connaissances théoriques d'agronome : analyse du sol, rotation culturale, analyse du bilan comptable, analyse de la santé des animaux, reproduction animale et alimentation.
Il a aussi réalisé un 2 stages et un CDD (6 mois) en tant que data scientist dans une entreprise numérique au service de l'agriculture, voici quelques projets importants sur lesquels il a eu à travailler :
* NEC (note d'état corporelle): ils ont créé plusieurs modèles de réseaux de neurones artificiels qui estiment la note d'état corporelle d'un bovin à partir d'images prise d'un téléphone.
* POWSI: à partir d'imagerie satellitaire, ils ont estimé le volume de biomasse disponible par parcelle et ont proposé un itinéraire optimal de pâturage.
* Farmwatch: ils ont créé plusieurs modèles de réseaux de neurones qui Identifient individuelle, track et reconnaissent le comportement des bovins en direct à partir de vidéos de surveillance.
* Sneezy: ils ont créé des modèles de réseaux de neurones qui font de l'analyse sonore et reconnaissent le son d'une toux porcine.
Sujet de thèse : Il a effectué une thèse CIFRE en collaboration avec Adventiel afin d'approfondir mes connaissances par la recherche dans le domaine de l'intelligence artificielle appliquée à l'agriculture. Son sujet de thèse s'intitule INSATIABLE "INnover pour la Santé Animale au Travers de l'Intelligence Artificielle à finalité prédictiBLE - Application aux maladies respiratoires des jeunes bovins".
Il sera question pour moi de combiner deux méthodes de modélisation qui sont le deep learning (réseaux de neurones artificiels) et la modélisation mécaniste épidémiologique dans le but de prédire les maladies respiratoires des jeunes bovins. Ils sont partis de plusieurs canaux de données (Vidéo, Image, Audio) qui vont être intégrés par des réseaux de neurones artificiels afin d'en produire des indicateurs de santé des jeunes bovins. Ces indicateurs de santé seront ensuite intégrés comme les paramètres des modèles mécanistes afin de prédire la dynamique des maladies respiratoires des jeunes bovins.
Intérêts : il est passionné par la data science de façon générale (deep learning, mathématiques, Statistique, machine learning, computer vision) ainsi que ses applications dans le monde agricole : la télédétection, outils d'aide à la décision.
il est aussi un grand fan de taekwondo (j'en suis à 2 ans), de voyages (j'ai fait 8 pays...) et de gastronomie.
Pour la suite de mon projet professionnel, rien n'est encore décidé : il a fait un peu d'enseignement (mathématiques en 1 année classe prépa) donc il n'est pas contre l'idée de faire de l'enseignement ou de la recherche (dans le privé comme dans le public).
Janaïna Grevelinger
Après un Master en Microbiologie-Immunologie à l’Université de Bordeaux, Janaïna Grevelinger a rejoint BIOEPAR le 01 octobre 2021 au sein de l’équipe ImmunoCare en tant que doctorante.
Son sujet de thèse portait sur l’entrainement des macrophages alvéolaires du porc suite à une primo-infection au virus influenza A porcin.
Elle a été encadrée par Nicolas Bertho, Gaëlle Simon (ANSES Ploufragan) et Olivier Bourry (ANSES Ploufragan).
Sarah Ishak
Sarah Ishak est vétérinaire diplômée du Liban. Elle a rejoint Oniris en 2021 en tant qu’assistante hospitalière au sein du centre hospitalier vétérinaire des animaux d’élevage.
Elle a commencé une thèse doctorale sous la direction d’Oniris encadrée par Raphaël Guatteo, Anne Relun et en partenariat avec l’Institut de l’Elevage. Sa thèse, intitulée « Boiteries chez les Jeunes Bovins (JB) en France: caractéristiques épidémiologiques et impact zootechnique », permettra de savoir dans quelle mesure les JB sont atteints de lésions podales, de quelles natures sont ces lésions, et d’estimer les pertes économiques causées par ces lésions.
Très peu d’études existent déjà en rapport avec les boiteries chez les JB, d’où la nécessité de disposer des connaissances de base qui pourront servir dans des futurs projets.
Mickaël Mège
Mickaël Mège a rejoint BIOEPAR le 03 avril 2023 en tant qu’ingénieur d’études après avoir travaillé pendant deux ans au CEA puis cinq ans à l’IFREMER notamment sur des thématiques en lien avec les organismes pathogènes. Il a été encadré par Laurence Malandrin au sein de l’équipe TiBoDi afin de travailler sur l’étude de la diversité génétique des deux parasites sanguins responsables de la piroplasmose équine sur la base de marqueurs moléculaires neutres des 3 génomes (génomique, mitochondrial et apicoplaste) et non neutres, pour permettre la mise en place d'outils de typage moléculaire
Mots-clés : piroplasmose ; moléculaire ; séquençage ; pathogène ; génome
Marie Salaun
Marie Salaun est microbiologiste de formation. Durant son parcours universitaire, elle a étudié la physiologie, la biologie, l'anatomie et cytologie pathologique mais c'est en microbiologie qu'elle s'est spécialisée au travers du Master de Microbiologie Fondamentale et Appliquée à l'Université de Bretagne Occidentale. Au travers de ce cursus, elle eut l'opportunité de découvrir la mycologie via la réalisation de deux stages au sein du Laboratoire Universitaire de Biologie et d’Écologie Microbienne de Plouzané (EA 3882) sous la tutelle de Gaëtan Burgaud et de Aurélie Philippe et a participé à la découverte de huit champignons isolés dans la Marina du Port de Brest aptes à dégrader des polymères de plastiques comme unique source de carbone.
Le 1er octobre 2024, Marie avait rejoint l'équipe IMMUNOCARE en tant que technicienne de recherche sous la responsabilité de Nicolas Bertho afin de soutenir les projets en cours.
Mots-clés (3-5) : Microbiologie ; culture cellulaire ; virologie ; biologie moléculaire
Laudy Serhal
SERHAL Laudy, MPH, de formation épidémiologiste rejoint l’unité BIOEPAR en tant que doctorante. Elle a mené sa thèse dans le cadre du projet PREVEAU qui vise à étudier le rôle de l’alimentation autour du vêlage comme levier préventif de la santé du couple veau-vache. Les objectifs de sa thèse ont reposé sur la mise en œuvre des concepts de l’épidémiologie observationnelle et analytique, que ce soit pour mesurer l’incidence des troubles de santé et étudier leur association statistique avec les caractéristiques des animaux, des biomarqueurs et de la conduite d’élevage avec de différents modèles statistiques. Une étude épidémiologique interventionnelle a été mise en place afin de quantifier les effets de l’apport d’une alimentation riche en acides gras Ώ 3 et d’évaluer la valeur informative des biomarqueurs vis-à-vis de la santé des bovins. Elle a été encadrée par Nathalie Bareille et Juan-Manuel Ariza.
