DYNAMO : Modélisation en dynamique de population et épidémiologie animale

Expertise et compétences

• Approches de modélisation prédictive combinant modèles mécanistes et simulations pilotées par les données
• Reproductibilité, fiabilité et clarté des modèles : cadre générique de simulation multi-échelles facilitant l’intégration des connaissances et des données, et capitalisant les modèles développés
• Méthodes innovantes d'inférence pour favoriser une modélisation réaliste et quantifier les processus incertains à différentes échelles
• Outils d’aide à la décision dédiés aux gestionnaires de la santé pour conseiller les éleveurs dans la maitrise du risque infectieux et de santé publique

Projets en cours

• WiLiMan-ID : Écologie des maladies de la faune, du bétail, de l'humain et des maladies infectieuses dans des environnements changeants (2023-2028 ; financement Horizon Europe)
• DECIDE : Mobiliser les données d’observation pour maîtriser et prioriser les maladies animales contagieuses non réglementées en Europe (notamment les maladies respiratoires et digestives du jeune bétail) (2021-2026 ; financement H2020)
• MIDIIVEC : Modélisation et inférence de la dynamique d'infection intra-vecteur à partir de données expérimentales (2022–2024 ; financement INRAE MP Digit-BIO)
• SEPTIME : Outil de projection amélioré par capteurs et informé par un modèle épidémiologique : un système d'aide à la décision couplant données de capteurs en temps réel et modèle épidémiologique mécaniste de maladies respiratoires bovines (2022-2024 ; financement Carnot F2E)

Quelques exemples de projets passés

• RobustInfer : Combiner & estimer : vers une réduction de la complexité des données pour une meilleure calibration des modèles épidémiologiques dynamiques à grande échelle (2021-2023 ; financement région Pays-de-la-Loire)
• ATOM : Automatiser la chaîne logicielle du modèle épidémiologique à l’outil d’aide à la décision (2020-2021 ; financement INRAE prématuration)
• ASF Challenge : Un challenge international de modélisation pour améliorer la prédiction de la propagation de la peste porcine africaine (ASF) à l’interface faune sauvage / élevages porcins (2019-2021 ; financement : INRAE DSA)
• COMAD-DHM : COnsolidation et Mise A Disposition du simulateur Dairy Health Manager
• FORESEE : Virus-host-environment interplay and drivers behind pathogen emergence, spread and persistence: Rift Valley fever (RVF) as a case study (2018-2021 ; financement INRAE, métaprogramme GISA)
• CaDeNCE : Propagation de processus épidémiques sur des réseaux dynamiques de mouvements d’animaux avec application aux bovins en France (2017-2021 ; financement ANR)
• MIHMES : Modélisation multi-échelles des dynamiques d'infection, de l'intra-individu à la métapopulation, pour évaluer des stratégies de maitrise (2012-2017 ; financement PIA & FEDER Pays-de-la-Loire)

Membres de l'équipe

Cadres scientifiques :

• Pauline Ezanno (DR, HDR, Resp. Équipe)
• Gaël Beaunée (CRCN)
• Sébastien Picault (CRCN, HDR)
• Arnaud Rault (CRCN)
• Hélène Cecilia (CR)

Appui scientifique et technique :

• Sandie Arnoux (IE)
• Philippe Gontier (IE)
• Guita Niang (IE CDD)

Doctorants et post-doctorants

• Fernando Saldana (PostDoctorant)
• Halifa Farchati (Post-doctorante)
• Théophile Ghislain Loïc Eyando Tabi (Doctorant accueilli)
• Léa Loisel (AERC)
• Manon Roustit (Doctorante)
• Baptiste Sorin (Doctorant)

Exemples passés récents de thèmes de recherche des étudiants en masters, doctorat, et post-doctorat

Stages de M1 & M2, thèses vétérinaires

• Brendan Borne : Améliorer la géolocalisation des exploitations pour prédire la circulation d'agents pathogènes dans les troupeaux bovins de France (M1 MODE, 2022)
• Grégoire Azé : Modélisation de la dynamique d’infection intra-vecteur dans des cellules de moustiques par des arbovirus (Virus du Nil occidental et Virus Usutu) dans un contexte de primo- et de co-infection (collaboration avec l'UMR VIRO ; M1 MODE, 2022)
• Servane Bareille : Premier challenge de modélisation en santé animale : la peste porcine africaine à l’interface entre la faune sauvage et la faune domestique (collaboration avec l'UMR IHAP ; M2 MODE & thèse vét., 2021) : Ezanno et al. 2022, Picault et al. 2022
• Juliette Hervio : Surveillance et maîtrise de la circulation du virus de la diarrhée virale bovine entre troupeaux bovins (thèse vét. 2021)

Doctorats

• Hélène Cecilia : Modéliser la dynamique de transmission du virus de la fièvre de la vallée du Rift : éclairage d'études aux échelle micro et macro (collaboration Cirad ; 2018-2021) : Bron et al. 2021, Cecilia et al. 2020, 2022a, 2022b
• Lina Cristancho-Fajardo : Modélisation et optimisation de la prise de décision pour la gestion de maladies infectieuses se propageant sur des réseaux de métapopulations animales (collaboration UR MaIAGE ; 2019-2022) : Cristancho-Fajardo et al. 2021, 2022a, 2022b
• Abdel Osseni : Gestion préventive et conséquences de risques sanitaires en productions animales : application à la tuberculose bovine en France (collaboration UMR SMART LERECO ; 2018-2021) : Osseni et al. 2019, 2022

Post-doctorats

• Floor Biemans : Modélisation de la transmission de la paratuberculose bovine intra et inter-troupeaux en Irlande (collaboration UCD, Dublin ; 2019-2022) : Biemans et al. 2021, 2022a, 2022b
• Thibaut Morel-Journel : Réorganisation du réseau de commercialisation des bovins entre troupeaux pour réduire le risque infectieux (collaboration avec Terrena ; 2018-2021) : Morel-Journel et al. 2021a, 2021b