GenIric

L'espèce de tique Ixodes ricinus est la plus représentée en France et en Europe. Elle peut transmettre de nombreux pathogènes : virus, parasites, bactéries (dont celle responsable de la maladie de Lyme). Connaître son génome doit fournir des pistes pour lutter contre cette tique et mieux gérer les risques de transmission de pathogènes. L'équipe TiBoDi de l'UMR BIOEPAR coordonne la communauté scientifique qui étudie ce génome et assure la diffusion des résultats.

Analyse de la séquence ADN

Le séquençage et l'assemblage du génome (obtenu à l'échelle chromosomique) ont été effectués par le Genoscope (Evry). L'annotation et les analyses fonctionnelles des gènes d’intérêt sont en cours, en collaboration avec plusieurs laboratoires européens. D'autres partenaires principalement à Rennes (IRISA, Genouest) participeront aux analyses bio-informatiques et à la mise à disposition des données du génome. L'étude du génome de la tique et de sa variabilité va permettre d'identifier les bases génétiques de certains traits, comme l'aptitude à abriter et transmettre certains pathogènes. Elle peut révéler aussi les séquences qui ont évolué en interaction avec les hôtes, leurs pathogènes, ou avec les propres parasites ou pathogènes de la tique.

Analyse des séquences transcrites

Outre la connaissance du génome, il est intéressant de connaître comment ce génome s’exprime, c’est-à-dire quelles sont les séquences qui sont transcrites en ARN, puis traduites en protéines fonctionnelles. Les chercheurs de l'UMR BIOEPAR  ont réalisé un séquençage à haut débit des séquences transcrites d’Ixodes ricinus et ont identifié un catalogue très complet de plus de 190 000 transcrits. Ensuite, ils ont mis en évidence des gènes qui s’expriment différemment selon les états physiologiques, par exemple avant ou pendant le repas sanguin, et qui peuvent donc jouer un rôle dans ce repas sanguin. Une deuxième étude basée sur les transcriptomes de tiques a élargi le champ d'étude, en intégrant cette fois 27 espèces de tiques différentes. Pour cette étude, neuf nouveaux transcriptomes ont été séquencés et combinés avec des données publiées par d'autres groupes  et pour les autres espèces. L'analyse a consisté à reconstituer un catalogue de gènes codants pour chaque espèce de tique, puis à utiliser le noyau de gènes en commun entre ces espèces pour réaliser une étude de la phylogénie de ce groupe.

Références :

Charrier, N. P., Couton, M., Voordouw, M. J., Rais, O., Durand-Hermouet, A.,  Hervet, C., Plantard, O.,  & Rispe, C. (2018). Whole body transcriptomes and new insights into the biology of the tick Ixodes ricinus. Parasites & Vectors, 11(1), 364. 

Charrier, N. P., Hermouet, A., Hervet, C., Agoulon, A., Barker, S. C.,  Heylen, D., Toty, C., McCoy, K. D., Plantard, O., & Rispe, C. (2019). A transcriptome-based phylogenetic study of hard ticks (Ixodidae). Scientific Reports 9:12923. 

Membres de BIOEPAR impliqués dans le projet: 

• Claude Rispe
• Olivier Plantard
• Caroline Hervet