Évolution d'un groupe d'iflavirus inféodés aux tiques

Contexte et enjeux

Les tiques sont au centre d'un réseau d'interactions complexes, incluant de nombreux microorganismes, parasites et virus, pouvant être pathogènes pour les hôtes animaux comme humains sur lesquels les tiques effectuent leur repas sanguin. Mais l'impact de ces "passagers influents" sur la biologie et la fitness des tiques elles-mêmes doit être également exploré pour mieux comprendre le système. Nous nous sommes intéressés ici à un groupe de virus à ARN particulier, les iflavirus, déjà connus chez de nombreux arthropodes de multiples ordres, où ils ont souvent un effet pathogène sur leur hôte invertébré. Depuis peu, des iflavirus ont été également détectés chez un nombre croissant d'espèces de tiques, mais on savait encore très peu de choses sur ce groupe en terme de modes d'évolution et de distribution chez les tiques, au niveau inter- comme intra-spécifique.

Résultats

Une séquence complète de génome d'iflavirus a été d'abord identifiée dans un transcriptome de cerveau d'Ixodes ricinus, de manière fortuite. Ceci nous a amenés à balayer un grand nombre de données d'assemblages transcriptomiques, pour I. ricinus comme pour d'autres espèces de tiques, en tout 27 espèces. Nous avons pu déceler neuf séquences génomiques de ce virus, dont plusieurs chez I. ricinus. Chez I. ricinus, le virus est présent dans plusieurs populations européennes (Suisse, Nord-Est et Nord-Ouest de la France), mais pas sa prévalence resterait faible. Nous avons en tout identifié cinq espèces différentes, associées respectivement aux tiques I. ricinus, I. frontalis, I. holocyclus, I. vespertilionis, et Hyalomma dromedarii.  Nous avons ensuite montré par une analyse phylogénétique que ces espèces n'évoluent pas de façon parallèle à leurs hôtes, ce qui suggère de multiples événements de changements de tique hôte et sans doute une absence de transmission verticale entre tiques. Nous avons également démontré qu'une séquence d'iflavirus identifiée dans une lignée cellulaire d'Ixodes scapularis (lignée ISE6), espèce américaine de tique, est quasi-identique aux séquences trouvées chez Ixodes ricinus, ce qui ne peut s'expliquer que par une contamination entre matériels biologiques.

Perspectives

Les perspectives de ce travail seront d'une part de continuer à explorer les données de transcriptomes pour identifier de nouvelles séquences de ce groupe, ce qui permettrait d'affiner l'étude de leur évolution, et d'autre part de tenter d'évaluer l'impact de ces virus sur la fitness des tiques, notamment chez I. ricinus.

Valorisation

Une publication relatant ce travail a été réalisée, dans le journal Archives of Virology.

Références bibliographiques

Romain Daveu, Caroline Hervet, Louane Sigrist, Davide Sassera, Aaron Jex, Karine Labadie, Jean-Marc Aury, Olivier Plantard, Claude Rispe (2021). Sequence diversity and evolution of a group of iflaviruses associated with ticks. Archives of Virology, 166 (7), 1843-1852, https://dx.doi.org/10.1007/s00705-021-05060-8, https://hal.inrae.fr/hal-03272097