Soutenance de thèse de Baptiste Sorin

Membres du jury :

• Rapporteurs avant soutenance :
  • Egil FISCHER, Associate Professor, Universiteit Utrecht, United Kingdom
  • Amandine VEBER, Directrice de recherche, CNRS,
• Président :
• Examinateurs :
  • Timothée VERGNE, Maître de conférence, ENVT/INRAE, Toulouse, France
  • Beatriz GARCIA MORANTE, Research associate, IRTA/CreSA, France
  • Catherine BELLOC, Professeur, Oniris/INRAE, Nantes, France
• Directeur de thèse :
  • Pauline EZANNO, Directrice de recherche, Oniris/INRAE, Nantes, France
• Co-encadrant de thèse :
  • Sébastien ASSIE, Maître de conférence, Oniris/INRAE, Nantes, France

Résumé :

Les maladies respiratoires bovines (BRD) sont des maladies complexes impliquant divers facteurs. Elles constituent une préoccupation majeure dans la filière bovine, tant sur le plan économique que sanitaire. Cette thèse proposait d’utiliser des
approches de modélisation afin de simuler des stratégies d'intervention dans un troupeau atteint de BRD. Nous avons d’abord étudié l'impact de la composition des lots de jeunes bovins sur la circulation de trois agents pathogènes associés aux BRD dans une ferme d'engraissement comprenant plusieurs lots. Ces résultats ont permis de montrer qu’engraisser les animaux à haut risque de BRD ensemble plutôt que séparément permettait de réduire l’incidence des BRD.
Ensuite, nous avons modélisé des stratégies de traitement collectifs et les critères sur lesquels les déclencher au sein des fermes d’engraissement. Nous avons également testé des méthodes automatisées d'alertes précoces comme critère de déclenchement de traitements collectifs. Les résultats des simulations ont montré le potentiel de ces alertes pour réduire l'incidence des BRD et l’utilisation d’antibiotiques.
Finalement, nous avons exploré les modèles de coinfection et étudié l'impact de la vaccination dans une ferme où circulent un virus et une bactérie. Ces travaux ont permis de convertir les sorties épidémiologiques en données économiques et de caractériser une couverture vaccinale rentable pour les acteurs de la filière.

Mots clés :

Modélisation stochastique ; Aide à la décision ; Coinfection ; Santé animale ; Bovins d'engraissement