Post-doctorat Modélisation des stratégies de vaccination contre la maladie hémorragique épizootique

Description

La maladie hémorragique épizootique (MHE) est une maladie virale transmise par des moucherons du genre Culicoides. La maladie hémorragique épizootique a des conséquences importantes sur les troupeaux de bovins. Le virus a été découvert pour la première fois aux États-Unis en 1955 et s'est ensuite propagé en Asie, en Australie et en Afrique. Il a été détecté pour la première fois en Europe en 2022 (en Italie puis en Espagne), avant d'atteindre la France en 2023. Un vaccin contre le sérotype 8 circulant actuellement en France vient de recevoir une autorisation temporaire d'utilisation, mais il manque encore des méthodes pour identifier des protocoles de vaccination ciblés efficaces, tenant compte des contraintes de ressources (nombre de doses et temps de déploiement) et de l'hétérogénéité spatio-temporelle de la distribution des hôtes.
Pour développer une telle méthode, vous devrez :

• adapter et étendre le cadre précédemment développé par une équipe de l'ANSES (Courtejoie et al. 2019 https://doi.org/10.1016/j.prevetmed.2019.104744 ), sur la propagation spatio-temporelle de la fièvre catarrhale ovine, une maladie à transmission vectorielle dont les caractéristiques sont similaires à celles de l'EHD. Le modèle incluait des populations bovines et ovines, différents réseaux de contacts, et l'effet des campagnes de vaccination
• utiliser les données de l'EHD (foyer français de 2023-2024) pour ajuster le modèle
• développer un algorithme pour optimiser l'allocation des vaccins dans l'espace et dans le temps en fonction de différentes contraintes (nombre de doses disponibles, effort humain, etc.). De multiples critères d'optimisation seront pris en compte (mortalité animale, coût, étendue de la propagation...).
• identifier les meilleures stratégies de vaccination pour contrôler la propagation de la maladie en France
• contribuer à faire de ce modèle un outil générique pouvant être utilisé pour lutter contre n'importe quel sérotype de MVE et de BTV circulant en Europe.

Vous ferez partie d'une équipe de ~10 modélisateurs expérimentés, incluant des ingénieurs disponibles pour le support technique (C++, Python, R). Ce travail sera réalisé en étroite collaboration avec l'ANSES (B. Durand). Des séjours réguliers seront organisés à Paris pour rencontrer l'équipe de l'ANSES. Le projet est entièrement financé par le gouvernement français. Toutes les ressources informatiques et les données nécessaires seront mises à disposition.

Le projet implique également le CIRAD (UMR ASTRE) sur l'épidémiologie de la DHM et la dynamique de la population de son vecteur, ainsi que VetAgroSup (UMR LBBE) sur la transmission médiée par le vent. Des interactions régulières avec les parties prenantes auront lieu, car il y a de fortes attentes sur la façon dont ces résultats de modélisation peuvent informer la politique.

A noter que plusieurs projets de modélisation sont actuellement en cours dans les équipes d'accueil, appliqués aux maladies vectorielles, qui offrent de réelles opportunités d'extension de contrat.

Compétences recherchées

• Doctorat en modélisation mathématique ou dans une discipline proche
• Expérience en modélisation mécaniste requise, l'application à un système biologique serait un plus.
• Expérience en théorie du contrôle optimal ou en méthodes d'inférence complexes
• Excellentes compétences en programmation (Python / C++ / R)
• Intérêt pour les maladies infectieuses, l'épidémiologie et la recherche interdisciplinaire
• Volonté de rendre les résultats accessibles aux parties prenantes et de prendre en compte leurs attentes
• Solides compétences en matière d'organisation et de communication écrite/orale, maîtrise de l'anglais (le français n'est pas obligatoire mais constitue un atout).
• Être très motivé par la recherche scientifique

Conditions matérielles

• Rémunération : Salaire brut de base ~3100-4000 €/mois (en fonction de l'expérience).
• Localisation à Oniris au sein de l’UMR BIOEPAR (équipe DYNAMO) à Nantes.
• Date de début : Dès que possible et au plus tard en mai 2025.
• Durée du contrat : Minimum 18 mois

Conditions de candidature

Veuillez envoyer simultanément aux deux personnes de contact : votre CV, une lettre de motivation exprimant vos expériences de recherche et vos intérêts, et au moins deux lettres de recommandation (ou les coordonnées des personnes de référence).
Le poste est actuellement disponible.
L'examen des candidatures commence immédiatement et s'arrêtera dès que le poste sera pourvu.

Contacts

Hélène CECILIA (helene.cecilia@inrae.fr), Benoit DURAND (benoit.durand@anses.fr)