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Résumé de la thèse :

Les tiques sont des acariens hématophages vecteurs de nombreux micro-organismes dont certains sont responsables de maladies humaines ou animales (Borréliose de Lyme par exemple. La tique Ixodes ricinus,est largement distribuée en Europe où elle représente le principal vecteur de l'agent responsable de la maladie de Lyme. Trois volets ont été abordés au cours de cette thèse, en réalisant pour chaque point des séquençages à haut-débit de transcriptomes. Dans le premier volet, un catalogue de transcrits à été reconstruit et annoté à partir d'individus provenant de différentes conditions physiologiques (stades de développement, état de gorgement, sexe). Une analyse d'expression différentielle a permis de déterminer quels gènes sont exprimés plus spécifiquement lors du gorgement (protéines cuticulaires notamment, mais également métallo­-protéases, etc...). Dans le deuxième volet, la structure génétique d'I. ricinus à été explorée à partir de douze populations Européennes. Mes résultats montrent pour la première fois un signal clair de structuration géographique, et d'isolation par la distance, à l'échelle de l'Europe. Dans le troisième volet, j'ai employé une approche phylogénomique sur le groupe des tiques dures : pour cela, j'ai reconstruit les transcriptomes de 27 espèces de tiques (dont neuf espèces séquencées pour ce projet) permettant de proposer un arbre phylogénétique très robuste pour ce groupe.

Mots-clefs :

Transcriptome, Ixodes Ricinus, RNA-seq, Analyse d'expression différentielle, Génomique des populations, Phylogénomique