Faits marquants de l'année

Les bronchopneumonies infectieuses (BPI) affectent les jeunes bovins, causant des problèmes de bien-être et de santé des animaux, ainsi que des pertes économiques. Les BPI sont causées par divers virus et bactéries. Les conséquences de l’infection sont amplifiées par des facteurs liés à la conduite et à l’environnement d’élevage, qui conditionnent le risque qu’un animal développe la maladie. Cependant, l’impact des pratiques zootechniques sur la propagation des agents pathogènes en cause reste à éclaircir. L’équipe Dynamo de l’unité BIOEPAR l’a évalué pour trois agents pathogènes largement impliqués dans les BPI : le virus respiratoire syncytial bovin (BRSV), Mannheimia haemolytica et Mycoplasma bovis. À cette fin, nous avons développé un modèle original représentant l’évolution de l’état de santé de chaque animal dans chacun des lots d’engraissement ayant démarré simultanément sur l’élevage, en fonction de l’état des autres animaux du lot et des autres lots, ainsi que du niveau de risque individuel de développer la maladie. Ce modèle intègre un processus de détection des cas et de traitement par antibiotique des cas détectés. Il a été calibré pour chacun des trois agents pathogènes d’après les données de la littérature. Les résultats montrent que regrouper les animaux de même niveau de de risque individuel permet de réduire l’occurrence des BPI. Ces résultats ouvrent la voie à des modèles prenant en compte les co-infections et les traitements collectifs afin de déterminer la conduite d’élevage optimale pour la maîtrise des BPI des jeunes bovins, tout tenant compte de la diversité des contextes sanitaires.

La furonculose due à Aeromonas salmonicida subsp salmonicida (Ass) est une maladie bactérienne importante d’un point de vue médicale et économique dans les élevages de salmonidés. L'évaluation de l'efficacité des mesures de contrôle telles que l’antibiothérapie ou la vaccination nécessite d'infecter les poissons de manière expérimentale. L'objectif de cette étude était de développer une méthode de challenge infectieux de la truite arc-en-ciel de taille portion (250 g) par immersion, méthode plus proche des conditions naturelles d'infection que les méthodes par injection intra-musculaire ou intra-péritonéale. L’immersion durant 24h des poissons dans une eau contenant la bactérie Ass à une concentration de 106 UFC/mL (colony-forming unit/mL) a entraîné l'infection de l’ensemble des poissons, avec un taux de mortalité de 53,25 %. Les poissons exposés ont développé une infection aiguë avec des symptômes et des lésions similaires à ceux observés lors de furonculose en élevage ainsi qu’une réponse immunitaire humorale 4 semaines après le challenge.

PiroGoTick relève le défi de regrouper dans un même projet la science participative, la médiation scientifique, la recherche fondamentale mais aussi appliquée avec des partenariats tournés vers l’innovation, autour d’une problèmatique de santé animale préoccupante pour les détenteurs d’équidés : la piroplasmose équine et les tiques vectrices des deux parasites sanguins qui en sont responsables, Theileria equi et Babesia caballi. Un réseau national de plus de 200 collecteurs de tiques permet l’inventaire et le suivi spatio-temporel de 8 espèces de tiques avec plus de 130 000 tiques collectées sur équidés, identifiées et cartographiées. Ces données et les observations faites par les citoyens permettent de soulever de nouvelles questions de recherche et de mettre en place conjointement de nouveaux protocoles de collecte pour y répondre. L’implication des vétérinaires locaux et des cliniciens/chercheurs dans les 4 écoles vétérinaires permet l’accès aux prélèvements sanguins afin de relier tiques (diversité et abondance) et statut infectieux des équidés, et de pouvoir réaliser la caractérisation génétique des deux parasites responsables à l’échelle nationale. Des actions de communication grand public et les interactions via les réseaux sociaux, encore à améliorer et enrichir, permettent une diffusion des connaissances et une meilleure compréhension de la recherche par les citoyens, et sont une source précieuse d’observations de terrain. Le développement d’un nouveau site web est envisagé pour permettre une diffusion très large et vulgarisée des connaissances obtenues, adossée aux publications et communications scientifiques.

La tique Ixodes ricinus est le principal vecteur de la maladie de Lyme en Europe. Elle héberge une bactérie endosymbiotique, Midichloria mitochondrri qui est transmise maternellement et est localisée à l’intérieur des mitochondries des oocytes de la tique. Alors que chez d’autres tiques, il a été démontré que les endosymbiotes sont indispensables à la survie de leur hôte-arthropode et qu’elles leur fournissent des vitamines indispensables à leur développement, les conséquences de cette endosymbiose chez I. ricinus ne sont pas connues. Dans cette étude, nous avons généré pour la première fois des images 3D d’oocytes de tiques avec ou sans symbiote grâce à un microscope électronique à balayage par faisceau d’ions focalisés (FIB-SEM). Pour la première fois, la reconstruction complète de la totalité du volume de ces mitochondries a permis de démontrer de façon définitive la présence de l’endosymbiote à l’intérieur des mitochondries et de les dénombrer de façon exhaustive. Jusqu’à 14 Midichloria ont été observées dans une seule mitochondrie. Par ailleurs, alors que les mitochondries de la lignée de tiques sans symbiote présentent une morphologie en réseau avec de longues structures tubulaires, celles de la lignée avec symbiotes sont globuleuses. Ces résultats apportent un éclairage nouveau sur notre compréhension du dialogue cellulaire entre cellule de tiques et de l’endosymbiotes qui a terme pourrait permettre de développer de nouvelles méthodes de lutte antivectorielle tels que la lutte anti-symbiotique ou la paratransgénèse.

Les tiques sont des vecteurs majeurs de maladies animales et humaines en Europe. Le cycle de vie de la principale espèce impliquée, Ixodes ricinus, est sous la dépendance forte de facteurs environnants biotiques, liés aux hôtes, et abiotiques, notamment liés au climat. L’influence du changement climatique sur la dynamique saisonnière de cette espèce est donc majeure. Le projet Climatick (MP ACCAF, coord. K. Chalvet-Monfray), dans la suite d’un premier projet (CC-EID), visait à comprendre et modéliser l’effet des variables météorologiques sur la dynamique temporelle des tiques. Il s’appuyait sur un réseau de sites d’échantillonnage mensuel localisés en différents points de France continentale. Nous avons utilisé les données collectées pendant sept ans afin de décrire les profils types d’évolution saisonnière des effectifs de nymphes d’I. ricinus selon les sites considérés. Après ajustement d’équations statistiques, des différences de profil ont été mises en évidence : (i) pics printaniers précoces et activité secondaire automno-hivernale dans les sites tempérés occidentaux, (ii) pics printaniers plus tardifs sans activité hivernale en France plus continentale (iii) pic estival sans activité hivernale en zone froide de montagne. En zone tempérée occidentale, l'activité hivernale des tiques est liée à des températures plus clémentes. Par la mise en évidence de ces différences dynamiques en fonction du climat, cette étude permet de se projeter sur ce que pourrait être la dynamique saisonnière de la tique I. ricinus dans un climat futur.

Les animaux infectés de manière persistante et immunotolérants (IPI) jouent un rôle central dans la transmission de l'infection par le virus de la BVD au sein et entre les troupeaux de bovins. Ainsi, la promotion de la certification des animaux en tant que non-IPI apparaît une approche pertinente pour maîtriser la propagation de l’infection en sécurisant les échanges commerciaux. Nous avons évalué la fiabilité de critères de certification non-IPI sur la base de données collectées dans des troupeaux bretons, avec une attention particulière portée aux critères épidémiologiques reposant sur le suivi sérologique du lait de mélange du troupeau. Vingt trois critères ont été définis en combinant les caractéristiques techniques des tests et certaines caractéristiques pathogéniques de l'infection. Dans l'ensemble, les taux d'animaux certifiés à tort non-IPI sont faibles (en moyenne 1,3 erreur pour 10 000 animaux certifiés). Les critères épidémiologiques et ceux basés sur des analyses sur l’animal ont des performances équivalentes. Ainsi, sans analyses individuelles, les génisses dès la naissance peuvent être certifiées, à condition que leur troupeau d’appartenance soit indemne de BVD depuis plus de 2,5 ans. La simplicité de mise en œuvre de cette approche et l'excellente performance des critères épidémiologiques ouvrent des perspectives de déploiement intéressantes pour sécuriser le commerce des animaux entre pays membres de l’UE.

Ce projet vise à évaluer une méthode non invasive de collecte de l'air exhalé par des animaux, utilisant la précipitation électrostatique pour capturer des particules, y compris des particules virales. L'objectif est d'analyser rapidement les échantillons avec des cartes microfluidiques intégrant tous les réactifs nécessaires. Une étape cruciale a été franchie en inoculant avec succès du coronavirus bovin à des veaux, montrant le développement rapide d'une infection respiratoire. Les résultats préliminaires indiquent la détection du virus dans les écouvillons nasaux et les bio-aérosols. Le projet se poursuit pour améliorer le biocollecteur et pour détecter le coronavirus bovin et d'autres agents dans l'air expiré par des bovins dans des élevages commerciaux.